از 9 نمونه، محققان توانستند ژنوم با کیفیت بالا دو گونه ناشناخته از باکتری های گوگرد سبز در این جنس را بازسازی کنند. کلروبیوم. به گفته محققان، این گونه ممکن است ناشناخته باشد زیرا نمونه های زنده قبلاً توالی یابی نشده بودند، یا به این دلیل که اکنون آنها منقرض شده اند.
منبع: https://www.newscientist.com/article/2372015-ancient-bacteria-genome-reconstructed-from-neanderthal-tooth-gunk/?utm_campaign=RSS%7CNSNS&utm_source=NSNS&utm_medium=RSS&utm_content=home
بسیاری از ژنوم‌های میکروبی حداقل تا حدی از DNA باستانی بازسازی شده‌اند، اما محققان در این زمینه بیشتر پیش رفته‌اند. آنها گروهی از سه ژن را وارد کردند کلروبیوم ژنوم به باکتری‌های زنده تبدیل می‌شود تا مولکول‌هایی را که باکتری‌های باستانی می‌ساختند، سنتز کنند.
ولی کلودیو سوپوران در دانشگاه فلورانس در ایتالیا تردید دارد که بازگشت به گذشته بهترین راه برای کشف مولکول های جدید انقلابی است. “امروزه امکانات زیادی برای استخراج ژنوم و استراتژی های مهندسی برای موجودات زنده وجود دارد.”
کلروبیوم این گونه ها معمولاً بخشی از میکروبیوم دهان نیستند، بنابراین استالفورث می گوید که آنها مشکوک هستند که باکتری ها از طریق آب آشامیدنی آلوده وارد دهان نمونه ها شده اند.
اگرچه پالئوفوران ها احتمالاً خودشان کاربردهای مفیدی ندارند، هندریک پوینار در دانشگاه مک مستر در کانادا می‌گویند که اثباتی بر این مفهوم ارائه می‌کنند که تنوع میکروبی باستانی را می‌توان برای کشف مولکول‌های جدیدی که می‌توانند به عنوان آنتی‌بیوتیک یا برای اهداف دیگر مفید باشند، مورد استفاده قرار داد.
جرم دندان کلسیفیه شده DNA را برای هزاران سال حفظ کرده است
جستجو برای میکروب های ناشناخته معمولاً محققان را به جزایر گرمسیری یا دریچه های گرمابی می فرستد. پیتر استالفورث در دانشگاه فردریش شیلر ینا در آلمان و همکارانش به شکار گذشته رفتند. آنها به DNA میکروبی حفظ شده در پلاک دندانی کلسیفیه 34 انسان باستانی و 12 نئاندرتال، از جمله یکی 102000 ساله نگاه کردند.
محققان مولکول های به دست آمده را “paleofurans” نامیدند. مقایسه ژن‌های مورد استفاده برای ساخت پالئوفوران‌ها با ژن‌های عصر مدرن کلروبیوم استالفورث می گوید که مولکول ها ممکن است در تنظیم فتوسنتز در باکتری ها نقش داشته باشند. “ما یک محصول طبیعی ساده پیدا کرده ایم.”
او می‌گوید: «بسیاری از تنوع میکروبی احتمالاً ناپدید شده یا حداقل به دلیل فشار ناشی از مقاومت ضد میکروبی به پس‌زمینه منتقل شده‌اند». “بنابراین ما امروز نمی بینیم که چه چیزی در زمانی عمیق تر وجود داشته است.”
DNA میکروبی حفظ شده در دندان انسان های باستان و نئاندرتال ها برای بازسازی مولکول های تولید شده توسط باکتری های باستانی استفاده شده است. این رویکرد می تواند به ما در کشف آنتی بیوتیک های جدید یا مولکول های مفید دیگر در میکروب ها کمک کند که ممکن است هزاران سال پیش از بین رفته باشند.
DNA باستانی به میلیون ها توالی کوتاه و اغلب تخریب شده تکه تکه شد. استالفورث می گوید، جمع آوری آنها در ژنوم های به اندازه کافی کامل یک “معمای چند بعدی” است.
