یک دانش آموز دبیرستانی اولین کسی است که ژنوم ماهی فرشته را تعیین توالی می کند


Indeever Madireddy، 17 ساله، ژنوم فرشته ماهی خانگی خود را پس از مردن توالی یابی کرد – اولین باری که این گونه توالی یابی شد.

زندگی


21 اکتبر 2022

Indeever Madireddy

Indeever Madireddy و آکواریومش

Indeever Madireddy

یک دانش آموز 17 ساله دبیرستانی در کالیفرنیا ژنوم فرشته ماهی آب شیرین را تعیین توالی کرد.اسکالر پتروفیلوم) برای اولین بار.

Indeever Madireddy ژنوم فرشته ماهی خود کالوین را پس از مرگش در ماه مارس امسال تعیین توالی کرد. او می گوید: «اگرچه ماهی من مرده بود، اما می خواستم آن را برای همیشه نگه دارم. بنابراین تصمیم گرفتم ژنوم فرشته ماهی را توالی یابی کنم به این امید که بتوانم این اطلاعات را به جامعه علمی بیاورم و در عین حال ادای احترام کوچکی به حیوان خانگی خود داشته باشم!

Madireddy سکانس را در BioCurieuxیک آزمایشگاه اجتماعی در سانتا کلارا، کالیفرنیا که تجهیزات پیشرفته ای را با هزینه کم در دسترس همه قرار می دهد.

او ماهی خود را در دمای 80- درجه سانتیگراد در آزمایشگاه نگهداری کرد تا DNA خود را حفظ کند. او حدود یک ماه را صرف آماده سازی و یادگیری نحوه ترتیب بندی آن کرد.

توالی یابی طی دو آخر هفته با یک توالی سنجی کوچک ساخته شده توسط Oxford Nanopore انجام شد. این توالی‌سنج‌ها توالی مولکول‌های DNA را هنگام عبور از منافذ ریز می‌خوانند.

توالی‌سنجی‌های نانوحفره نسبت به روش‌های رقیب کمی دقت کمتری دارند، اما می‌توانند قطعات بسیار طولانی‌تری از DNA را توالی‌یابی کنند. این کار باعث می‌شود نرم‌افزار توالی‌یابی ژنوم را با کنار هم قرار دادن دوباره آن‌ها در کنار هم قرار دهد – مانند یک پازل با قطعات بزرگ‌تر و کمتر.

Madireddy می گوید که تجزیه و تحلیل داده ها دو ماه دیگر و یادگیری بسیار بیشتری طول کشید. داده های توالی قرار داده شده است یک پایگاه داده عمومی و مقاله کوتاهی در توصیف کار در 18 اکتبر منتشر شد.

فرشته ماهی در آکواریوم

فرشته ماهی در آکواریوم

H. Schmidbauer/Mauritius images GmbH/Alamy

فرشته ماهی بومی حوضه آمازون است و به یک ماهی آکواریومی محبوب در سراسر جهان تبدیل شده است. ژنوم آن هیچ شگفتی خاصی را نشان نداد، زیرا مشابه ژنوم ماهی های مرتبط است.

Madireddy می گوید که سکانس آن حدود 2000 دلار هزینه داشت که او توانست آن را جمع کند تقریباً 1000 دلار در تأمین مالی جمعی.

Madireddy می گوید: «مهم ترین بخش این آزمایشگاه اجتماعی افرادی بودند که در آنجا ملاقات کردم. “دو نفر به طور خاص، یوهان سوسا و کورت چانگ، به شدت از من حمایت کردند.”

می‌گوید: «این نمونه‌ای شگفت‌انگیز از ذهن‌های کنجکاو و کاری است که دانشمندان جوان می‌توانند با حذف موانع تکنولوژیکی مانند هزینه و پیچیدگی انجام دهند». گوردون سانگهرامدیرعامل آکسفورد نانوپور.

Madireddy یک پرورش دهنده ماهی و زیست شناس مشتاق است و قبلاً با استفاده از ویرایش ژن CRISPR کار کرده است. او کالوین را از مرحله تخمک با دیگر نوزادان بزرگ کرده بود.

او می‌گوید: «دیگر فرشته‌ماهی‌ها همیشه در تانک من شاد و سالم هستند.

مرجع مجله: زیست شناسی میکرو انتشارات، DOI: 10.17912/micropub.biology.000654

درباره این موضوعات بیشتر بدانید:


منبع: https://www.newscientist.com/article/2343515-high-school-student-is-first-to-sequence-the-angelfish-genome/?utm_campaign=RSS%7CNSNS&utm_source=NSNS&utm_medium=RSS&utm_content=home

توسط احمد گل کار

احمد گل کار